1931年“九·一八事件”后,日本帝国主义占领我国东北,并进逼华北。为谋文物安全,当时遂有选择精品迁址储藏之筹备。文物运输前,院方向行政院和地方军政长官发出密电,请沿途保护。路线避开天津,绕道南下,以免遭日军袭击。列车全部是铁皮车,车顶四周均架起机枪,车两旁逐段有马队随车驰聚,每到一站,地方官派人上车交差。重要关口,车内熄灯。 2月7日 第一批南迁文物起运。古物馆452箱,图书馆602箱,文献馆1,064箱,共2,118箱。吴瀛等监运。3月5日抵沪。 3月15日 第二批南迁文物起运。秘书处426箱,古物馆384箱,图书馆44箱、文献馆436箱,共1,290箱。俞同奎等监运。21日抵沪。 3月28日 第三批南迁文物起运。秘书处1,013箱又62包,古物馆242箱,图书馆477箱,文献馆1,240箱,共2,922箱又62包。程星龄等监运。4月5日抵沪。 4月19日 第四批南迁文物起运。秘书处2,635箱又2包,古物馆829箱,图书馆138箱,文献馆1,033箱,共4,635箱又2包。马衡等监运。27日抵沪。 5月15日 第五批南迁文物起运。秘书处1,534箱,古物馆724箱,图书馆154箱,共2,412箱。俞同奎等监运。23日抵沪。 南迁文物总计13,427箱又64包。附我院一同运沪者另有古物陈列所5,414箱,颐和园640箱又8包3件,国子监11箱。 1936年,南京朝天宫文物库房建成后,南迁文物遂分五批运往南京。