2013年10月23日成立的故宫研究院是以开放的学术胸襟、创新的机制接纳国内外学术界热心于故宫学术研究的人才，与院内的专家学者共同构建的高端学术研究平台。故宫研究院成立后，将深入开展对明清宫廷文化和院藏文物、档案的研究，组织实施国家和我院的重大科研课题项目，搭建两岸故宫的科研合作平台，在国内外积极开展博物馆馆际之间和与高等院校以及科研院所的学术合作与交流，不断培植新生的学术力量，以此全面带动学术研究、展览和出版等工作的可持续发展，努力成为文博界学术研究的重镇。
故宫研究院下设一室一站四所五中心，即研究室、博士后科研工作站、故宫学研究所、考古研究所、古文献研究所、明清档案研究所和《故宫博物院院刊》编辑部，并联系故宫博物院的古书画研究中心、古陶瓷研究中心、明清宫廷史研究中心、藏传佛教文物研究中心、古建筑研究中心，在我院初步形成覆盖全面、专业突出和梯次完备的学术团队。